La mise en place du protestantisme tel que nous le connaissons aujourd'hui en France fut longue, violente et diversifiée. Dans bien des pays on passe en bloc à la Réforme sous la pression des Princes au pouvoir ; en France au contraire nous sommes en face de communautés créées le plus souvent de toute pièce tandis que les anciennes paroisses continuent d'exister sous l'autorité de Rome. On voit donc une création originale et combative.
Favorisées par le climat de liberté intellectuelle de la Renaissance, les idées de Luther et de Zwingli circulent en France dès 1520. Au début assez favorable aux Réformateurs, François 1er change d'avis avec "l'affaire des placards" en 1534 : à un moment où les prises de position s'organisent vraiment, une centaine de petites affiches ayant pour titre "Articles véritables sur les horribles, grands et insupportables abus de la messe papale", sont placardées à Paris ou ailleurs, y compris sur la porte du château d'Ambroise ; la répression devient plus sévère, Calvin doit fuir la France, et le roi devient un allié puissant de l'Inquisition.
À partir de 1541 et depuis Genève, Calvin influence fortement les groupes constituant les Églises nouvelles et malgré les tragiques persécutions (bûchers, exils) on dresse des Églises Réformées un peu partout. Très rapidement leur nombre dépasse un millier.
À partir de 1559 la Réforme fait son entrée dans les familles nobles liées à la Cour, elle peut ainsi sortir de la clandestinité et se politiser davantage. Mais la politique anti-réformée se poursuit.
Soucieuse de restaurer l'autorité de l'État et impressionnée par le progrès des Églises Réformées, la régente Catherine de Médicis tente en vain une réconciliation entre catholiques et réformés lors du colloque de Poissy en 1561. En 1562, elle signe l'édit de Janvier qui reconnaît pour la première fois la " nouvelle religion " et accorde aux réformés la liberté de culte hors des villes.
Cet édit exaspère les catholiques. Deux mois plus tard a lieu le massacre de Vassy, point de départ des guerres de Religion qui dureront jusqu'en 1598.
Le 24 août 1572, c'est le terrible massacre de la Saint-Barthélemy à Paris et dans diverses villes.
Toute cette période de graves crises est marquée par une succession de batailles en divers lieux de France (on y compte pas moins de huit guerres), de tentatives de paix, traités, trêves rompues, amnisties qui ne définissent que des droits partiels. La paix ne sera toujours que temporaire. Le contrôle de l'État et le statut de la religion réformée sont en question à chaque fois.
L'épuisement complet du pays incite à la fin des luttes armées lorsqu'en avril 1598 est signé l'édit de Nantes ; celui-ci est un compromis qui tente de stabiliser le rapport de forces entre majoritaires catholiques et minoritaires protestants (de 6 à 8 % de la population du royaume) ; il affirme que le catholicisme reste religion du royaume, reconnaît un certain nombre de lieux de culte pour les adeptes de la religion réformée à qui il garantit des droits politiques et militaires (droit de posséder 150 lieux de refuge où avoir une garnison) tout en les privant de toute possibilité d'expansion religieuse. L'accès à certains métiers leur reste interdit.
L'édit demeurera longtemps en vigueur et les réformés profitent de cette paix relative pour se relever : tenue de synodes réguliers pour les 763 Églises, construction de temples, étude des Écritures, création d'écoles, de collèges et d'académies.
Gilles Castelnau : Comme le montre l'enquête systématique faite à Metz, au milieu du XVIIe siècle, les familles réformées, par rapport aux catholiques, sont plus nombreuses à posséder des livres (80 %, contre 20 % des livres repérés dans les inventaires après décès), et en plus grande quantité (de 6 en moyenne contre 2,5 chez les artisans et marchands, à 124 contre 37 chez les avocats, magistrats, médecins). En tête, la Bible de Genève ou le Nouveau Testament seul : livres transmis de père en fils appropriés par l'inscription sur les pages de garde, du fil des générations, la mémoire des naissances et des morts. La pratique familiale et individuelle de la Bible et des psaumes, chez l'avocat comme chez l'huilier ou l'aubergiste, est sans doute le plus fort marqueur de la piété réformée, comparée à la piété catholique, à faible rapport au livre.
La période qui s'étend de 1685 à 1787 est la plus douloureuse du protestantisme français :
Louis XIII déjà avait entamé les libertés protestantes, mais c'est surtout Louis XIV qui déclenche de féroces persécutions appelées " les dragonnades " ; les protestants abjurent en masse et le roi en tire prétexte pour révoquer l'édit de Nantes en 1685 avec l'édit de Fontaineblau.
Les protestants sont "hors la loi" dans leurs pays, leur culte interdit, les temples rasés, les pasteurs emprisonnés ou exécutés, ceux qui bravent les interdits partent aux galères, les femmes qui refusent d'abjurer sont emprisonnées à vie (tour de Constance à Aigues-Morte).
On estime que 250 000 protestants choisissent l'exil dans les pays voisins dits " du Refuge " .
La révolte des Camisards dans les Cévennes est écrasée ; ce soulèvement armé contre une domination qui se voulait spirituellement totalitaire ne vise qu'à défendre la liberté d'être protestant en France tout en restant fidèle au roi.
Entre soumission apparente et clandestinité (cultes au Désert), une poignée de fidèles maintient la flamme du protestantisme.
Progressivement, l'influence des idées des Lumières atténue les persécutions et rétablit les libertés. Les philosophes des Lumières Voltaire et Rousseau auront à cet égard une énorme influence.

Voici quelques dates-charnières pour la reconquête de la liberté totale du culte :
Voici encore - tout juste évoquées - quelques étapes d'un protestantisme dont l'histoire reste sans nul doute toujours inachevée :
Vous lui donnerez votre adhésion joyeusement, comme une libre et personnelle affirmation de votre foi. Sans vous attacher à la lettre de ses formules, vous proclamerez le message de salut qu'elles expriment.

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